교육대학원에서는 선의의 경쟁과 논문의 질적 수준을 제고하기 위하여 우수논문시상제도를 도입하여 1999학년도 후기 졸업자부터 시상하고 있다. 우수논문은 각 전공주임교수의 추천을 방아 대학원위원회에서 교육학 · 인문사회 · 어학 · 실업 · 예체능계열 별로 각 1명씩 선정한다.
우수논문은 학술지 게재(예정)논문을 우선으로 하며, 우수한 논문이 많을 경우에는 시상자 수를 늘일 수 있다. 우수논문으로 선정된 자는 다음 학기 개강식에서 공개 포상하며, 소정의 부상도 수여한다.

교육대학원의 장학금은 교사로 재직 중인 원생을 위한 교직장학금, 행정·연구조교로 근무하는 원생을 위한 조교장학금, 비현직교사 원생을 위한 일반장학금으로 나눌 수 있다. 현직교사는 매 기말 종강 전까지 재직증명서를 교학부에 제출하면 등록금 총액의 13%에 해당하는 장학금으로 받을 수 있다.
행정조교 · 연구조교로 근무하는 원생은 교학부에서 발행하는 장학증서(전액 또는 반액)을 서울은행 휘경동지점에 제출하면 등록 절차를 마칠 수 있고, 등록금을 납부하였을 경우에 장학증서와 등록금 영수증을 서울은행 휘경동지점에 제출하면 이미 납부한 등록금을 환불받을 수 있다.

그밖에 비현직교사 원생을 대상으로 각 전공별 1명(단 국어 · 영어 · 수학 · 음악 · 미술 · 체육전공은 재학생이 많은 전공은 각 2명)에 게 300,000원씩 지급하는 일반장학금이 있다. 일반장학금은 전공주임교수의 추천을 방아 교학부에서 지급한다.